В 1999 году Совет Межпарламентской Ассамблеи СНГ принял специальное решение, согласно которому парламентские делегации, представляющие государства МПА СНГ – участники Договора о коллективной безопасности (ДКБ), стали рассматривать в рамках МПА СНГ правовые вопросы реализации данного договора. Статус Межпарламентской Ассамблеи СНГ как парламентской структуры Договора о коллективной безопасности закрепился в 2000 году на сессии Совета коллективной безопасности ДКБ (Бишкек, Кыргызстан), когда перед МПА СНГ в формате ДКБ были поставлены задачи по разработке модельных законов и рекомендаций с целью унификации и гармонизации законодательства стран – участниц Договора. 23 ноября 2001 года на первом своем заседании члены Совета МПА государств СНГ – участников ДКБ приняли Программу правового обеспечения Плана основных мероприятий по формированию системы коллективной безопасности государств – участников Договора о коллективной безопасности на период 2001–2005 гг. Эта Программа, утвержденная председателями Совета коллективной безопасности ДКБ и Совета МПА СНГ, стала основой работы парламентариев до 2005 года и была успешно выполнена.
Основными формами работы Межпарламентской Ассамблеи СНГ в формате ДКБ стали регулярные заседания членов Совета МПА государств СНГ – участников ДКБ и Постоянной комиссии МПА СНГ по вопросам обороны и безопасности в формате ДКБ. Были налажены взаимодействие административных органов Совета МПА СНГ и ДКБ, обмен информацией между ними, сотрудничество в разработке проектов документов, направленных на укрепление коллективной безопасности государств – членов ДКБ. Помимо этого, группами депутатов МПА государств СНГ – участников ДКБ осуществлялось изучение военно-политической обстановки во всех регионах коллективной безопасности (в Центрально-Азиатском – в марте 2001 года, в Кавказском – в октябре 2004 года, в Западном – в сентябре 2005 года).
С учетом необходимости адаптации Договора к динамике региональной и международной безопасности и с целью противодействия новым вызовам и угрозам 14 мая 2002 года на московской сессии ДКБ было принято решение о преобразовании Договора в полноценную международную организацию – Организацию Договора о коллективной безопасности (ОДКБ).
23 июня 2006 года минская сессия Совета коллективной безопасности ОДКБ определила необходимость развития парламентского измерения ОДКБ в рамках Межпарламентской Ассамблеи СНГ в целях гармонизации национальных законодательств, разработки модельных законов для решения уставных задач ОДКБ, организации взаимодействия по вопросам международной и региональной безопасности. Основываясь на этом решении Совета коллективной безопасности ОДКБ и на Конвенции о Межпарламентской Ассамблее государств – участников Содружества Независимых Государств, председатели парламентов государств СНГ – членов ОДКБ на заседании 16 ноября 2006 года приняли постановление о создании Парламентской Ассамблеи Организации Договора о коллективной безопасности (ПА ОДКБ). Председателем ПА ОДКБ был избран Председатель Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации V созыва Борис Вячеславович Грызлов.
С мая 2012 по 2016 год Председателем ПА ОДКБ являлся Сергей Евгеньевич Нарышкин - Председатель Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации VI созыва.
24 ноября 2016 года Председателем ПА ОДКБ избран Председатель Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации VII созыва Вячеслав Викторович Володин.
5 ноября 2019 года, 29 ноября 2021 года Председатель Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации Володин Вячеслав Викторович вновь избран Председателем Парламентской Ассамблеи Организации Договора о коллективной безопасности единогласно.